西晋王朝灭亡后，汉族政权退守江东，公元317年，镇守建康（今江苏南京）的晋室宗亲司马睿在江南重新建立晋室，史称东晋。东晋政权维持了长期的偏安统治，到公元420年被刘裕所建立的宋所取代，共103年，历经4代11帝。

东晋是门阀政治发展的鼎盛时期，皇权衰落。司马睿称帝有赖于南方官僚士族的拥戴，东晋政权建立之初，先后平息了王敦和苏峻之乱，统治趋于稳定。门阀大族王，谢，庚，恒先后支配着王朝的政局。

士族祖邀曾率军北伐，一度收复黄河流域。在此之后，当权的士族多标榜北伐以增加门户威望，其中以桓温的三次北伐最为著名。他曾经收复洛阳，进入关中、进兵河北，自都未能够巩固北伐成果。公元383年、前秦南下，东晋面临空前威胁，在宰相谢安的运筹下，谢石、谢玄率北府兵大效前秦军队，取得了水之战的决定性胜利。此后，需由于外上威胁解除而爆发内战，孙恩、卢循起兵，恒玄在内战中获胜，一度篡晋。北府兵将领刘裕起兵镇压了农民军，并通过北伐树立威望、最终取代东晋。

东晋统治者不以恢复中原为意，门阀大族致力于南方的庄园经营。北方大族及大量汉族人口迁徙江南，给南来了先进的生产技术。南下的北方农民和土著农民辛勤劳动，开辟南方广大的山泽荒野，促进了江南的开发、使中国经济重心开始由黄河流域向长江流城转移。

与此同时，中国北方陷入分裂混战，黄河流城匈奴、羯、鲜卑、氏、羌等“五胡”族军阀争杀的战场，各个“胡”族首领纷纷建立政权，和东晋汉族政权长期对峙，史称五胡十六国。五胡乱华是由氐族及匈奴族揭开序幕。

公元304年农历十月，氐族领袖李雄占成都，自称“成都王”，史称成汉。匈奴贵族刘渊起兵于离石，史称前赵，是五胡建国的开始。310年，晋怀帝永嘉四年，刘渊死，其子刘聪杀刘和即位。311年（永嘉五年）四月，刘聪部下石勒，歼晋军十多万人于苦县宁平城，并俘杀太尉王衍等人。刘聪又遣大将呼延晏率兵攻洛阳，屡败晋军，前后歼灭三万余人。六月呼延晏到达洛阳，刘曜等人带兵前来会合，攻破洛阳，史称“永嘉之祸”或“永嘉之乱”等。313年，刘聪毒死了晋怀帝。怀帝侄司马业（或作司马邺），在长安登基，是为晋愍帝。316年前赵刘曜攻长安，晋愍帝主动投降。317年晋愍帝被杀，士族王导、王敦等，扶植晋朝远房宗室司马睿，因司马睿不愿称帝，于是称为晋王。318年司马睿在劝说下，于建康登基，为晋元帝。历时五十一年的西晋灭亡，东晋开始。五胡乱华时期中国北方的汉族基本被屠戮殆尽。

从公元304年匈奴贵族刘渊建立汉国，公元316年灭掉西晋，到公元439年鲜单拓跋部统一北方，这100多年里，北方各民族相互争战、先后建立了前赵(匈奴)、后赵(竭)、前燕(鲜卑)、前凉(汉)、前秦(氐)、后秦(羌)、后燕(鲜卑)、西秦(鲜卑)、后凉(氏)、南凉(鲜卑)、西凉(汉)、北凉(卢水胡)、南燕(鲜卑)、北燕(汉)、

夏(匈奴)十五个政权，连同西南氏族建立的成汉，总称十六国。

在十六国时期，除十六个大国之外、还有汉人冉闵建立的魏、丁灵翟氏建立的魏、武都氏帅杨氏建立的仇池国、鲜卑慕容建立的西燕、鲜卑拓跋氏建立的代，五个政权，总计先后建立了21个政权。

上述政权中、后赵、前燕、前秦都管占据过北方的大部分睡城，尤其是前秦转基本上统了北方，不过时间都报短，在百余年时闻，北方战流基本上没有停息。