1888年，光绪18岁。13岁的珍妃和长她2岁的姐姐，双双选中入宫，分别赐封珍嫔、瑾嫔。与此同时，选定慈禧胞弟桂祥21岁的女儿叶赫那拉氏为皇后。次年正月，光绪举行大婚典礼，奉迎叶赫那拉氏皇后入宫(隆裕皇后)。珍、瑾二嫔先期入宫，珍嫔居东六宫的景仁宫，瑾嫔居东六宫的永和宫。

据说，珍妃姿容婉丽，赋性聪颖，又擅琴棋书画，初入宫时，亦为慈禧所钟爱，知她性喜书画，还让内廷供奉缪嘉蕙女士教她。平时她居景仁宫，与光绪则同居养心殿。她不仅美丽动人，13岁的年龄，还不失孩童的天真活泼。光绪总是让她随侍身边，同桌共食，同床共寝。他们还老是互换装束，嬉戏玩乐，这给精神上长期受压抑的光绪带来了许多的安慰和快乐。相形之下，隆裕皇后就差远了，她比光绪大三岁，又其貌不扬，加之生性嫉妒，老是在慈禧面前拨弄是非，致使珍妃受责受辱，光绪迁怒于皇后，夫妻感情一天天坏起来。

珍妃是光绪最宠爱的妃子，光绪皇帝和她度过的时光是最轻松，最快乐的。当初珍妃进宫的时候，还不是妃子，是珍嫔，很多资料都说是因为珍妃工翰墨会下棋，聪明机灵，长得乖巧，支持他的政治举动所以才喜欢她的。我个人认为，这些都是次要的，最主要的，我分析的是，因为珍妃性子刚强，有主见，光绪皇帝能够肯定她不会被慈禧给收买。光绪的女人只有三个，隆裕皇后是自己的表姐，姓叶赫那拉氏，肯定是太后那一边的；瑾妃性格太温和，有些许胆小怕事，也容易跟皇后太后一边站，就只有珍妃，年龄小，通事理，光绪对她就会放松警惕。

深宫的爱情往往是日久生情，这两个人也不例外，光绪越发打心眼里喜欢这个姑娘，而珍妃，咱暂且不说她是不是很爱光绪，很多资料都记载的光绪体弱多病，少年时期就开始遗精，大病小病一连串，还有的说他一生都口吃，但是珍妃从十三岁进宫起，就只看见这么一个男人，她不爱他爱谁？而且，这些都是记载，知道真相的恐怕没几个，但是多数记载都这么说，应该就是真爱的。

珍妃是个机灵的丫头，接收外来事物的能力特别强，照相机是她的最爱，没事就鼓捣照相机，留下两张倩影，她不但自己爱照，也爱给光绪照，两人的配合也很默契，珍妃常常把自己办成小子，光绪也很喜欢，珍妃是惟一一个可以进入他处理朝政的地方的（有段时间不是光绪亲政慈禧训政呢？），打扮成小太监，给光绪扇风，倒茶什么的，两个人就这样的你侬我侬，皇后是嫉妒得不得了，向慈禧告状，慈禧把光绪和珍妃的相片通通销毁，所以现在遗留的光绪和珍妃的照片很少。

最后，珍妃因为得罪慈禧太多，被慈禧打入冷宫了，庚子年(1900年)7月20日，八国联军兵临北京城下。慈禧决定携带光绪等一行人出走西安。慈禧要带着光绪逃命，然后就有这么几个版本。

1、慈禧要珍妃自尽，说是怕被那啥了侮辱皇族，珍妃不肯，慈禧就命令崔玉贵把她扔井里去。

2、珍妃称天花，要回娘家，慈禧不让，说是怕被那啥了侮辱皇族，命令崔玉贵把她扔井里去。

3、慈禧要珍妃自己逃命，珍妃说皇上不应该离京，应该留下来和外国人谈判，慈禧怒了，命令崔玉贵把她扔井里去。

4、慈禧没想让崔玉贵把她扔井里去（可怜的崔公公，扔了三次，终于解脱了），慈禧让她自己逃命，珍妃嚷嚷着说她是皇帝的妻子，理应带着她一起走，慈禧说不行，这样人就太多了，珍妃就威胁慈禧说不带我就死给你看，慈禧说你爱死死去吧，珍妃就真的去跳进了，慈禧让崔玉贵去拉她，没拉着。

个人认为第一个和第三个的联合版比较靠谱，不然怎么会传闻慈禧害死珍妃之后每天晚上做恶梦，第二年下令把她的尸体捞上来呢？

民间认为珍妃是因为支持光绪进行戊戌变法而触怒了慈禧太后，但史料对此并无确切记载。目前史学界较赞成的观点是，珍妃因多次违反宫闱禁忌，卖官受贿，再加上光绪皇帝对她情有独钟，冷落了慈禧的亲外甥女隆裕皇后，最终落得被杀害的下场。

珍妃之兄志锐，在中日甲午战争中为主战派，弟志锜同维新派关系密切，“尝侦宫中密事，输告新党”。珍妃倾向变法，支持光绪掌握政权，引起慈禧太后的忌恨。1900年八国联军进攻北京，慈禧太后逃离北京时，派太监崔玉贵将她推入井中溺死（珍妃井）。一位伺候过慈禧的何姓老宫女曾对这一事件做了如下回忆：

　　“逃跑是光绪二十六年，即庚子年的七月二十一日。头一天的下午，老太后在乐寿堂屋里睡午觉。我和往常一样，陪伴在寝宫里，背靠西墙，坐在砖地上，面对着门口。这是侍寝的规矩。突然，老太后坐起来了，撩开帐子。平常撩帐子的事是侍女干的。今天很意外，吓了我一跳。老太后匆匆洗完脸，一声没吩咐，竟自己走出了乐寿堂。我们跟随老太后走到西廊子中间，老太后说：“你们不用伺候”。这是老太后午睡醒来的第一句话。我们眼看着老太后自各儿往北走，进了颐和轩。大约有半个多时辰，老太后从颐和轩出来，铁青着脸皮，一句话也不说。我们是在廊子上迎接老太后回来的。晚上便有人偷偷地传说，老太后赐死珍妃，让人把珍妃推到井里了。我们更不能多说一句话。”
　　

这位何姓宫女所讲，与唐冠卿所讲完全吻合。这位何姓宫女还说，民国初年，崔玉贵曾到她家串门，亲口讲了处死珍妃的经过，与唐冠卿所讲也基本一样。这表明唐冠卿所讲的珍妃遇害的情节是真实的。

1900年，八国联军侵入北京，慈禧挟持光绪西逃，又让太监崔玉贵把珍妃推入乐寿堂后的井中溺死。后来，人们称这口井为“珍妃井”。
关于珍妃坠井，还有一种说法。是说慈禧挟光绪西逃之时，珍妃正患天花，病卧在床，又在囚禁之中。珍妃恳求放回娘家养病。但这与宫中礼制不合，慈禧遂逼迫珍妃投井自尽。
珍妃死后。先葬于西直门外。光绪死后，又移葬崇陵，恩爱夫妻魂归一处。

1901年春清廷与八国联军媾和，慈禧、光绪等准备还朝。慈禧见珍妃所投之井依然如故，便命人将尸骨被打捞出来，装殓入棺，葬于阜成门外恩济庄的宫女墓地，并企图以“贞烈殉节”的名义掩世人耳口。民国二年(1913年)，其姊瑾妃（时为端康皇太妃）将珍妃迁葬光绪景陵妃嫔园寝，并为她修建了一个小灵堂以供奉珍妃的牌位，灵堂上悬挂一额纸匾，上书“精卫通诚”，颂扬珍妃对光绪的一片真情。